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scRNA-seq technical states and artefacts

Parent node for technical states that confound cell-state calls.

Synonymes : quality control categories

Tissus : all

Marqueurs (6)

Gène	Polarité	Protéine	Niveau	Spécificité	Espèce	Références
MT-CO1	positif	MT-CO1	mRNA	enrichi	human, mouse	32840568
ACTB	positif	beta-actin	mRNA	sous-ensemble	human, mouse	23810203
HBB	positif	Hemoglobin beta	mRNA	sous-ensemble	human, mouse	31217225
MALAT1	positif	MALAT1	mRNA	sous-ensemble	human, mouse	26887813
RPS4X	positif	RPS4X	mRNA	sous-ensemble	human, mouse	31217225
XIST	positif	XIST	mRNA	sous-ensemble	human, mouse	29022598

Sous-types

Viable cell
Dead / membrane-compromised cell
Low-quality cell (scRNA-seq QC)
Doublet / multiplet
Ambient RNA contamination
Hemoglobin / erythrocyte contamination
Ribosomal-gene-high / translation-high
Platelet / megakaryocyte contamination

Données curées avec références PubMed/DOI, licence CC BY 4.0. « Spécifique » est calculé sur la couverture de cet atlas : vérifiez dans la littérature citée. Version interactive avec filtres et comparaison.